次亜塩素酸ナトリウムの消毒原理には、主に次の 3 つの側面があります。
加水分解により次亜塩素酸が生成され、さらに次亜塩素酸が分解して新生態酸素を生成します。新生態酸素の強力な酸化作用により、細菌やウイルス上のタンパク質などの物質が変性し、病原微生物を死滅させます。
次亜塩素酸は細菌（ウイルス）に浸透し、細菌（ウイルス）のタンパク質、核酸、酵素などの有機ポリマーと反応して、病原微生物を殺します。
次亜塩素酸によって生成される塩化物イオンは、細菌やウイルスの浸透圧を大きく変化させ、細胞の活動を失わせて死滅させます。